1. Η Ε.Κ.Α.Π.Υ. διοικείται από εννεαμελές Διοικητικό Συμβούλιο που απαρτίζεται από τον Πρόεδρο, τον Αντιπρόεδρο και επτά (7) μέλη.

2. Τα μέλη του Διοικητικού Συμβουλίου της προηγούμενης παραγράφου διορίζονται σύμφωνα με τα οριζόμενα στους νόμους 4369/2016 (Α΄33) και 4440/2016 (Α΄224). Μέχρι την ολοκλήρωση της διαδικασίας προσλήψεων του ν. 4369/2016 (Α΄33), τα μέλη του Διοικητικού Συμβουλίου διορίζονται προσωρινά σύμφωνα με τα οριζόμενα στις επόμενες παραγράφους για χρονικό διάστημα μέχρι έξι (6) μηνών, και πάντως όχι πέραν της 31ης Δεκεμβρίου 2017. Το προσωπικό που κατείχε τις ανωτέρω θέσεις, δύναται να εγγραφεί στο Μητρώο της παρ. 1 του ν. 4369/2016 (Α΄33), εφόσον πληροί τα κριτήρια που ορίζονται σε αυτόν. Μέχρι την έκδοση της υπουργικής απόφασης για ορισμό του Διοικητικού Συμβουλίου της Ε.Κ.Α.Π.Υ., το Διοικητικό Συμβούλιο της Ε.Π.Υ. εξακολουθεί να λειτουργεί νόμιμα σύμφωνα με τις διατάξεις του ν. 3580/2007.

3. Ο Πρόεδρος διορίζεται με απόφαση του Υπουργού Υγείας. Με την ίδια απόφαση ορίζεται και ο Αντιπρόεδρος, ο οποίος είναι και ο νόμιμος αναπληρωτής του Προέδρου. Τα λοιπά μέλη του Διοικητικού Συμβουλίου διορίζονται ως εξής: τρία (3) μέλη διορίζονται με απόφαση του Υπουργού Υγείας, εκ των οποίων το ένα (1) είναι υπάλληλος της Οικονομικής Διεύθυνσης του Υπουργείου Υγείας, ένα (1) μέλος υπηρετεί στον Ε.Ο.Π.Υ.Υ. και ορίζεται με απόφαση του Πρόεδρου του Οργανισμού, ένα (1) μέλος ορίζεται από το Κεντρικό Συμβούλιο Υγειονομικών Περιφερειών (ΚΕ.Σ.Υ.ΠΕ.) και είναι Διοικητής μιας εκ των Υγειονομικών Περιφερειών, ένα (1) μέλος διορίζεται με απόφαση του Υπουργού Οικονομίας και Ανάπτυξης και ένα (1) μέλος διορίζεται με απόφαση του Υπουργού Οικονομικών. Ο Πρόεδρος πρέπει να είναι κάτοχος
μεταπτυχιακού τίτλου σε συναφές πεδίο με τις ανάγκες οργάνωσης και λειτουργίας της Ε.Κ.Α.Π.Υ. και να διαθέτει καλή γνώση μιας ξένης γλώσσας. Τα λοιπά μέλη που ορίζονται από τους Υπουργούς και δεν έχουν συγκεκριμένες ιδιότητες, περιλαμβανομένου του Αντιπροέδρου, πρέπει να είναι πτυχιούχοι Α.Ε.Ι., ημεδαπής ή αλλοδαπής, με αντικείμενο συναφές με τη λειτουργία και τους σκοπούς της Ε.Κ.Α.Π.Υ. και πρέπει να έχουν εμπειρία στο γνωστικό αντικείμενο εξειδίκευσής τους και καλή γνώση μιας ξένης γλώσσας. Από τα μέλη που ορίζονται από τους Υπουργούς το ένα πρέπει να είναι δικηγόρος και το άλλο οικονομολόγος, με πτυχίο ημεδαπής ή αλλοδαπής, όπως ορίζεται στο ανωτέρω εδάφιο. Δεν μπορεί να διορισθεί Πρόεδρος ή μέλος του Διοικητικού Συμβουλίου της Ε.Κ.Α.Π.Υ.: α) γενικός ή ειδικός γραμματέας Υπουργείου ή αυτοτελούς γενικής ή ειδικής γραμματείας ή βουλευτής, β) διοικητής, διευθυντής, διαχειριστής, μέλος διοικητικού συμβουλίου ή ασκών διευθυντικά καθήκοντα σε επιχείρηση, οι δραστηριότητες της οποίας συνδέονται με τις δραστηριότητες της Επιτροπής.

4. Η θητεία των εννέα (9) μελών είναι τριετής και μπορεί να ανανεωθεί μόνο μία φορά. Τα μέλη του ΔΣ εκπίπτουν με απόφαση του Υπουργού Υγείας και Κοινωνικής Αλληλεγγύης, εάν αποκτήσουν μία από τις ιδιότητες που συνιστούν κώλυμα διορισμού ή προβαίνουν σε πράξεις ή αποκτούν ιδιότητα που δεν συμβιβάζεται με τα καθήκοντα του μέλους, καθώς και για σπουδαίο λόγο, βάσει του Κώδικα Κατάστασης Δημοσίων Πολιτικών Διοικητικών Υπαλλήλων και Υπαλλήλων Ν.Π.Δ.Δ. (ν. 3528/2007, Α΄26). Τα έξι (6) εκ των μελών του Διοικητικού Συμβουλίου που ορίζονται από τους Υπουργούς, συμπεριλαμβανομένων των Προέδρου και Αντιπροέδρου, είναι πλήρους και αποκλειστικής απασχόλησης.

5. Κατά τη διάρκεια της θητείας τους, τα μέλη του Διοικητικού Συμβουλίου της Ε.Κ.Α.Π.Υ., οι σύζυγοι και οι συγγενείς εξ αίματος αυτών μέχρι α΄ βαθμού απαγορεύεται να είναι εταίροι, μέτοχοι, μέλη του διοικητικού συμβουλίου, διαχειριστές, υπάλληλοι, τεχνικοί ή άλλοι σύμβουλοι σε επιχείρηση που αναπτύσσει δραστηριότητα στον τομέα των προμηθειών στον κλάδο υγείας. Όσον αφορά στα μέλη του Δ.Σ. της Ε.Κ.Α.Π.Υ., που είναι πλήρους και αποκλειστικής απασχόλησης, δεν δύνανται αυτά, μετά το πέρας της θητείας τους και για χρονικό διάστημα τριών (3) ετών, να εργασθούν με οποιαδήποτε από τις ανωτέρω ιδιότητες σε ανταγωνιστικό, στους σκοπούς της Ε.Κ.Α.Π.Υ., φορέα του ιδιωτικού τομέα.

6. Με κοινή απόφαση των Υπουργών Οικονομικών και Υγείας καθορίζεται το ύψος της αποζημίωσης για τα μέλη που υπηρετούν ως πλήρους και αποκλειστικής απασχόλησης, καθώς και της ανά συνεδρίασης, αποζημίωσης των λοιπών, πλην πλήρους και αποκλειστικής απασχόλησης, μελών του Διοικητικού Συμβουλίου.

7. Εντός δύο (2) μηνών από την πρώτη του συνεδρίαση, το Διοικητικό Συμβούλιο καταρτίζει κανονισμό λειτουργίας του, ο οποίος εγκρίνεται με απόφαση του Υπουργού Υγείας. Με τον κανονισμό λειτουργίας ρυθμίζονται ιδίως:
α) η διαδικασία λήψης των αποφάσεων του Διοικητικού Συμβουλίου,
β) η σύγκληση των τακτικών και έκτακτων συνεδριάσεων αυτού,
γ) η κατάρτιση της ημερήσιας διάταξης και η μορφή των εισηγήσεων,
δ) η κατανομή αρμοδιοτήτων μεταξύ των μελών και ο τρόπος αντιμετώπισης των σχετικών ζητημάτων που εισάγονται σε αυτό,
ε) κάθε αναγκαίο θέμα που σχετίζεται με τη λειτουργία του,
στ) τα ειδικότερα θέματα οργανωτικής διάρθρωσης και ο τρόπος λειτουργίας της Γραμματείας του.