Μέχρι 31.12.2016 καθορίζεται η νέα οργανωτική διάρθρωση του Ταμείου, οι αρμοδιότητες όλων των οργανικών μονάδων, οι κλάδοι από τους οποίους προέρχονται οι προϊστάμενοι αυτών και κάθε άλλη σχετική με τη λειτουργία του λεπτομέρεια με κοινή απόφαση των Υπουργών Εσωτερικών και Διοικητικής Ανασυγκρότησης και Εργασίας, Κοινωνικής Ασφάλισης και Κοινωνικής Αλληλεγγύης, ύστερα από γνώμη του Δ.Σ. του Ταμείου.
Μέχρι την έναρξη ισχύος της κοινής υπουργικής απόφασης της παραπάνω παραγράφου, οι υπηρεσίες των εντασσόμενων ταμείων, τομέων, κλάδων και λογαριασμών πρόνοιας λειτουργούν με την υφιστάμενη οργανωτική τους δομή ασκώντας τις αρμοδιότητες που ασκούσαν.
Η παύση της λειτουργίας των εντασσόμενων στο Ε.Τ.Ε.Α.Ε.Π. ταμείων, τομέων, κλάδων και λογαριασμών διαπιστώνεται με απόφαση του Υπουργού Εργασίας, Κοινωνικής Ασφάλισης και Κοινωνικής Αλληλεγγύης που δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως.
Ο Διοικητής και οι Υποδιοικητές του Ε.Τ.Ε.Α. παραμένουν μέχρι τη λήξη της θητείας τους ως Διοικητής και Υποδιοικητές του Ε.Τ.Ε.Α.Ε.Π.. Η θητεία του Δ.Σ. του Ε.Τ.Ε.Α. λήγει με το διορισμό του Δ.Σ. του Ε.Τ.Ε.Α.Ε.Π.